报告人：张治华博士，中科院北京基因组研究所（国家生物信息中心）

报告题目：A dynamic kissing model for enhancer-promoter communication on the surface of transcriptional condensate

报告时间：2022年4月25日周一 9:00-11:00

报告地点：腾讯会议 ID: 328 757 3757

报告摘要：Enhancers are key DNA elements that regulate gene transcription by activating promoters in eukaryotes. Many potential mechanistic models have been proposed to account for enhancer-promoter communication, including the formation of the condensed enhancer-promoter clusterings that may be caused by liquid-liquid phase separation. However, the detailed kinetic mechanism of how condensates may mediate enhancer-promoter contacts remains unclear. Here, we proposed a polymer physics-based model on condensates-mediated enhancer promoter communication. We found that the model-derived

distribution of end-to-end distance at a given contour length matched the experimental molecular tracking data most, when enhancer-promoter contacts were constrained to the spherical surface of condensates. Based on such observation, we further proposed a novel gene expression regulation model based on

dynamic enhancer-promoter communication on the surface of transcriptional condensate. We showed that the dynamic kissing model well explained the pattern of gene expression bursting at single-molecular level.

报告人简介：2006 年毕业于中国科学院生物物理研究所，获理学博士学位; 2006–2009 年在密歇根大学进行系统生物学的博士后研究；2009–2011 年在纽约冷泉港实验室和德克萨斯大学达拉斯分校从事系统生物学的博士后研究； 2011–至今，在中国科学院北京基因组研究所任研究员。自工作以来，承担国家 863，自然科学基金等科研项目， 科技部重点研发项目，科学院先导 A，北京市科委重点等重大项目。 近五年在 Nature Commu-nications, Genome Biology， Nucleic Acids Res、 Brief Bioinformatics、 Science China (life science) 等学术顶级期刊发表 SCI 论文 10 余篇。主要研究方向为通过计算系统生物学的方法，结合最新的实验技术研究基因 3D 调控网络在疾病（肿瘤）和发育条件下的结构和功能。 研究成果入选 2018 年度中国生物信息学十大进展，2021 年中国农业部十项重大进展。 张治华博士是中国生物信息学会(筹)，基因组信息学专委会秘书长；中国人工智能学会(CAAI)，生物信息学专委会常务委员；中国工业与应用数学学会(CSIAM)，数学生命科学专委会常务委员；学术期刊《 National Science Review》（中科院一区），《 Genomics, Proteomics &Bioinformatics》（中科院一区），《生物化学与生物物理进展》编委会成员。 2021第八届三维基因组学国际研讨会主席团成员。